กระทรวงศึกษาธิการ ได้ประกาศจัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัด และสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอ ในเขตพัฒนาพิเศษเฉพาะกิจจังหวัดชายแดนภาคใต้  โดยให้จัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดขึ้น ในจังหวัดปัตตานี จังหวัดยะลา จังหวัดนราธิวาส จังหวัดสตูล และจังหวัดสงขลา และให้จัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอขึ้นในทุกอำเภอของจังหวัดปัตตานี จังหวัดยะลา จังหวัดนราธิวาส และจังหวัดสงขลา เฉพาะอำเภอจะนะ อำเภอนาทวี อำเภอเทพา และอำเภอสะบ้าย้อย ตามมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ ๑๙  พฤศจิกายน ๒๕๕๑ ประกอบ มติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ ๒๑ เมษายน ๒๕๕๒ โดยให้สำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดเป็นหน่วยงานภายในสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน และให้สำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอเป็นหน่วยงานภายในสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัด

          ให้สำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดและสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอ เป็นหน่วยงานทางการศึกษา ตามมาตรา ๔ แห่งพระราชบัญญัติระเบียบข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษา พ.ศ.๒๕๔๗ โดยให้ดูแลรับผิดชอบ ประสาน ส่งเสริมสถานศึกษาเอกชน รวมทั้งส่งเสริมสนับสนุนสถาบันศึกษาปอเนาะ ศูนย์การศึกษาอิสลามประจำมัสยิด (ตาดีกา) และปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย