ตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการฉบับลงวันที่ 24 มีนาคม พ.ศ.2552 และวันที่ 27 เมษายน 2552 ให้จัดตั้งสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัดในจังหวัดปัตตานี ยะลา นราธิวาส สตูลและสงขลาเฉพาะอำเภอจะนะ นาทวี เทพา และสะบ้าย้อย รวมปัจจุบันมีสำนักงานการศึกษาเอกชนจังหวัด 5 จังหวัด และสำนักงานการศึกษาเอกชนอำเภอ 37 อำเภอ

          ให้สำนักงานการศึกษาเอกชนมีภารกิจและมีหน้าที่ในการประสานจัดทำแผนพัฒนาและแผนปฏิบัติการการศึกษาเอกชนในจังหวัดให้สอดคล้องกับนโยบายของรัฐ นโยบายของกระทรวงศึกษาธิการ และนโยบายเสริมสร้างสันติสุขในจังหวัดชายแดนภาคใต้ อีกทั้งให้ส่งเสริม สนับสนุน กำกับ เร่งรัด นิเทศ ติดตาม การพัฒนาคุณภาพการศึกษา และจัดทำข้อมูลสารสนเทศเกี่ยวกับการศึกษาของโรงเรียนเอกชนทุกประเภท สถาบันศึกษาปอเนาะ และศูนย์การศึกษาอิสลามประจำมัสยิด(ตาดีกา) รวมทั้งปฏิบัติงานร่วมกับหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือตามที่ได้รับมอบหมาย